Le quartier de Lyon Perrache a entamé une profonde transformation depuis 2018 avec de premiers travaux menés au sud de la gare : un budget total de 38,2 millions d'euros unissant divers acteurs parmi lesquels Lyon Confluence, la Métropole de Lyon, la région Auvergne Rhône-Alpes et l'État. Le programme, dont la première phase « Ouvrons Perrache » s’est achevée en mars 2021, implique notamment la création d'un pavillon voyageur au sud de la gare, le réaménagement de la voûte Ouest entre la place Carnot et la place des Archives et le prolongement du tram T2. Les fameux escalators « Goldorak » vieillissants vont ainsi céder la place à une rampe d'accès à la gare, utilisable par les personnes à mobilité réduite (PMR).
La voûte Ouest sera par ailleurs fermée aux voitures et réservée aux modes doux, le réaménagement prévoyant la création d'une ambiance plus chaleureuse avec la mise en valeur des revêtements en béton et de la pierre naturelle des voûtes. Les anciens bureaux situés entre la gare et le CELP (centre d’échanges Lyon-Perrache) seront démolis, les murs et le plafond nettoyés afin de retrouver l'ocre historique de la pierre, tandis qu'une piste cyclable double-sens bénéficiera du remplacement des luminaires.
Les voûtes longues de 300 m qui font la particularité de la Gare de Lyon-Perrache avaient jusqu’à présent le désavantage de séparer le centre-ville de Perrache, ce dernier – plus au sud – se prolongeant désormais vers le nouveau quartier de la Confluence. La nouvelle entrée de la gare qui s'inscrit dans la continuité de la place des Archives vise notamment à répondre à la future fréquentation du secteur qui devrait doubler d'ici 2030, tout en brisant le verrou qui sépare Perrache de la Presqu'île lyonnaise. La gare de Perrache deviendra donc aussi celle de la Confluence, qui comptera à terme 16 000 habitants (+23 %) et 25 000 salariés (+60 %).
La transformation du PEM de Perrache va donc enfin briser la barrière que forme le CELP entre le centre-ville et Perrache, ouvrant enfin la totalité du deuxième arrondissement lyonnais vers le centre-ville. Une transformation qui vient désenclaver les habitants du Perrache historique, avec sans doute à la clef de nouvelles opportunités pour l'immobilier d'entreprise…